بخش گیاهان دارویی و محصولات فرعی از سال ۱۳۶۸ فعالیت خود را به منظور اهتمام به مدیریت دانش در زمینه گیاهان دارویی، استفاده بهینه از توان علمی و تحقیقاتی داخلی و خارجی در حوزه گیاهان دارویی؛ استفاده حداكثری و اصولی از طبیعت و فراورده‌ها و محصولات فرعی جنگل و مرتع، در راستای سلامت انسان و رفاه اجتماعی شروع کرده و با هدف حفظ چرخه‌های اكوسیستمی طبیعت؛ حفظ ذخایر ژنتیكی بومی و انحصاری گیاهان دارویی كشور؛ شناسایی و معرفی گونه‌های بومی و انحصاری ارزشمند، توسعه دانش فنی در تمامی حوزه‌های اکولوژیکی، زراعی و فرآوری، گام برداشته است، تا بتواند با توسعه علمی و اصولی تمام بخش‌های مربوطه، نقش موثری در سلامت جامعه، اشتغالزایی، و صادرات غیر نفتی داشته باشند.