به منظور دستیابی به اهداف بخش کشاورزی و رسیدن به جایگاه اول علمی، فناوری و اقتصادی در منطقه و همچنین ایجاد جامعه دانش بنیان و دانش محور، ماموریت اصلی موسسه تحقیقات جنگل‌ها و مراتع کشور عبارتند از:
“انجام تحقیقات راهبردی، کاربردی و توسعه‌ای در زمینه شناخت علمی واقعیت‌های موجود منابع طبیعی کشور، تبیین و رفع چالش‌ها، پیش‌بینی سیر تحول منابع طبیعی و توسعه آن در آینده، تعامل مثبت و سازنده با بیرون و داخل کشور. به منظور ارائه راهبردها، طرح ها و توصیه های خط مشی به وزارتخانه ذیربط، نهادها و سازمان های ذینفع و تصمیم گیرنده”
با این رویکرد، بیانیه مأموریت موسسه تحقیقات جنگل‌ها و مراتع کشور به شرح زیر ترسیم می‌شود:
اجرای طرح های تحقیقاتی پایه، کاربردی و توسعه ای.
شناسایی و حفاظت از ذخایر ژنتیکی گیاهی و افزایش غنا و تنوع زیستی جنگل ها و مراتع بر اساس پتانسیل منابع و حمایت موثر از سرمایه گذاری در آن.
بهبود تحقیقات کاربردی و توسعه فناوری در زمینه جنگل‌ها، مراتع، بیابان‌ها، گیاهان دارویی و صنایع چوب و کاغذ.
گسترش تحقیقات کاربردی و فناوری‌های زیست‌محیطی و ژنتیکی و اصلاح گونه‌های گیاهی مناسب با شرایط محیطی ایران و ایجاد پایگاه‌های اطلاعاتی و تقویت نظام آموزشی و اطلاعاتی در این زمینه.
تبادل آخرین یافته های پژوهشی و فناوری با سایر واحدهای وزارت جهاد کشاورزی و مراجع فعال در حوزه منابع طبیعی به منظور اجرای هر چه بهتر وظایف موسسه.
همکاری در تهیه، تنظیم و تدوین برنامه‌های کوتاه‌مدت، میان‌مدت و بلندمدت پیشران، تحولی و راهبردی منابع طبیعی کشور.
تامین امکانات لازم متناسب با فعالیت های پژوهشی.
گسترش تعاملات و ارتباطات بین المللی.
توسعه و گسترش ترویج و گفتمان سازی در حوزه منابع طبیعی و توسعه پایدار.
