یکی از مکاتباتی که از سوی مؤسسه تحقیقات جنگل‌ها و مراتع کشور برای تهدیدات پیش‌آمده برای باغ گیاه‌شناسی ملی ایران انجام شد نامه به آقای دکتر مخبر معاون اول رئیس جمهور بود که ایشان بلافاصله وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح و شهرداری تهران را مکلف به بررسی و ارائه گزارش نتایج آن کردند. در این خصوص پس از پیگیریهای به‌عمل‌آمده، در روز سه‌شنبه 30 فروردین آقایان دکتر جعفری مجد مدیر کل آمایش و مهندسی وزارت دفاع و همچنین عضو کمیته‌های شورای عالی شهرسازی و معماری، مهندس قمری مدیر کل مهندسی منطقه مرکزی وزارت دفاع و مهندس حسینی‌زاده مدیر عامل شرکت عمران آبشار در مؤسسه به حضور آقای دکتر جلیلی رسیدند و در نشستی با شرکت آقایان دکتر متینی‌زاده، مهندس خدایی و مهندس موحدنژاد به بررسی مخاطره پیش‌رو برای باغ گیاه‌شناسی ملی ایران پرداخته شد.
در ابتدا دکتر جلیلی ضمن خوشامدگویی به مهمانان گرامی، در خصوص باغ گیاه‌شناسی ملی ایران به تاریخچه، چگونگی شکل‌گیری، نقش‌های باغ بویژه نقش حفاظتی آن، نحوه استقرار گیاهان و شکل‌دهی ساختار آن با تأکید بر تکمیل بیش از 75 درصد آن پس از پایان جنگ، انواع حفاظت انجام‌شده در باغ به صورت گیاه و بذر، تبادل بذر با همه باغ‌های گیاه‌شناسی دنیا، ویژگی‌های منحصر به فرد طبیعت ایران، گونه‌های گیاهی انحصاری ایران، ثبت ملی باغ و طبقه‌بندی آن با درج حساسیت از سوی پدافند غیر عامل اشاراتی داشتند و سپس با انتقاد از بنیادنهادن برج‌های مسکونی متراکم در مجاورت باغ، مخاطرات مختلف و گوناگون آن را برشمردند و تأکید کردند که توقف نشدن این پروژه، آغاز از بین رفتن باغ گیاه‌شناسی ملی ایران خواهد بود.
در ادامه دکتر جعفری مجد بیان داشتند: تغییرات شهرسازی منطقه 22 پس از الحاق به شهر تهران از مبناهایی که در ابتدا در نظر داشتند متأسفانه زیاد بوده و فاصله گرفته است و نامناسب‌ترین تصمیم در زمان دکتر قالیباف، شهردار وقت تهران، فروش سهم 70درصدی شهرداری بوده است که به جای آنکه این سهم به انواعی از خدمات اختصاص یابد در اختیار مسکن‌سازان قرار گرفت در نتیجه جمعیت‌پذیری آن چند برابر شد. متأسفانه شورای عالی شهرسازی وقت نیز حساسیتی نشان نداد و همراه شهرداری شد. با ورود شهردار جدید، دکتر حناچی، برای برگرداندن به حالت اولیه تصمیم گرفته شد ولی با وجود تلاش‌های فراوان و جلساتی که با تعاونی مسکن ارتش و شهرداری برگزار شد به دلیل برقراری حقوق مکتسبه امکان پس‌گیری واگذاری‌ها میسر نبود.
مهندس قمری نیز با تأکید بر پیگیری لازم از سوی وزارت دفاع اشاره کردند: پیش از عید از پروژه بازدید و گزارشی آماده شد و مهم‌ترین مانع را حقوق مکتسبه دانست. دکتر جلیلی نیز بر این حق تأکید داشتند و لازم است حقوق مردم رعایت شود اما در کنار این، باغ گیاه‌شناسی نیز حقوقی دارد و پس از استقرار با گذشت 50 سال نمی‌تواند چنین پروژه ویرانگری را تاب بیاورد. پیشنهاد ما که در تمام نامه‌ها هم آمده جا به جایی کل پروژه بلندمرتبه‌سازی است.
مهندس حسینی‌زاده نیز گفتند که 870 هزار متر مربع پروانه ساخت گرفته‌اند و قرار است در قالب بلوک‌های 38 طبقه (33 طبقه و 5 طبقه منفی) ساخت و ساز شود. با رایزنی‌هایی که انجام گرفته است تنها کاری که از نظر ما امکان‌پذیر است کاستن 10 طبقه از برج‌ها است و در این حال شهرداری باید برای معوض آن متقبل شود. با توجه به سهام توزیع‌شده برای 16 هزار نفر کاستن بیشتر ممکن نیست! و برای جا به جایی این پهنه نیز در کل پروژه فضایی وجود ندارد.
دکتر جلیلی در پاسخ، به چند مطلب اشاره کردند: باغ، مرکزی برای بازدید دائمی مقامات کشور در عالی‌ترین سطوح و همچنین مهمانان خارجی و همینطور مردم است که بالطبع امنیت ایشان با وجود برج‌ها به شدت در خطر خواهد افتاد. بنابراین بیش از سه طبقه چه برای باغ و چه امنیت و چه از دیدگاه وجود حریم‌های موجود برای باغ‌های گیاه‌شناسی دنیا توجیهی وجود ندارد. موضوع دیگر تبعات وجود این پروژه است که یک سوی آن در ساخت و ساز است وجود ماشین‌های سنگین و خاکبرداری و … و از سوی دیگر این منطقه به متراکم‌ترین نقطه تهران تبدیل خواهد شد و سبب از بین رفتن کمترین نیازهای اکولوژیک خواهد شد. ما در خصوص حقوق مردم هیچ بحثی نداریم اما حقیقت آن است که اگر این پروژه اجرایی شود یعنی کشور تصمیم به نابودی باغ گیاه‌شناسی ملی ایران گرفته است و این بسیار بعید است. باغی که دانشمندان و کارشناسان و باغبانان و کارکنان بیشماری بیش از 50 سال کوشش کردند تا این پروژه بی‌بدیل شکل بگیرد و ماندگار شود.
پرسشی که از سوی مهمانان مطرح بود اینکه چرا دیر به اعتراض پرداختید که رئیس مؤسسه تحقیقات جنگل‌ها و مراتع کشور گفتند علت آن است که تصمیم‌گیری در شهرداری تهران در رده بالا خارج از ساختار تصمیم‌گیری عرفی اتفاق افتاده است چون تا سال 1394 که خود در کمیسیون شهرسازی حضور داشتم به هیچ وجه در آنجا مطرح نشد. و در آن زمان پهنه فوق با قید S یعنی خدمات ثبت شده بود بنابراین کار خلاف صورت گرفته و خارج از سیکل خود انجام شده است. تلاش ما تاکنون بر مبنای گفتگو بوده است و به دلایل مختلف در مسیر قضایی نیافتاده است. به هر حال این باغ متعلق به کل ایران است و باید برای آن تصمیم درست گرفته شود.
در پایان دکتر جعفری بیان کردند که ما به عنوان نماینده وزارت دفاع و پشتیبانی و نیروهای مسلح گزارشی منصفانه با ذکر همه شواهد و توضیحات طرفین برای وزیر تهیه خواهیم کرد و برای حل آن تلاش خواهیم کرد.
