2- بخش تحقيقات مرتع:
مطالعه و تحقيق در زمينه مديريت مراتع، اكولوژي مراتع، به زراعي و به نژادي مراتع، مسائل اجتماعي اقتصادي مراتع

3- بخش تحقيقات گياهشناسي:
شناسايي گياهان و رستني هاي كشور، مطالعات فيتوسوسيولوژيك، تهيه نقشه هاي جوامع گياهي، شناسايي گياهان نادر و رو به انقراض و تلاش در جهت حفظ ذخاير توارثي كشور، مطالعات تنوع زيستي، ايجاد و توسعه هرباريوم، ايجاد و توسعه باغات گياهشناسي، دستيابي به گونه هاي با ارزش گياهي جهت استفاده در صنعت، فضاي سبز، باغباني، جنگلكاري و ...

4- بخش تحقيقات گياهان دارويي و محصولات فرعي:
با هدفجمع آوري، شناسايي، كشت ، اهلي كردن و تعيين مواد مؤثره تعداد زيادي از گونه هاي بومي كشور، تحقيقات به زراعي و به نژادي گياهان دارويي، ترويج و كاشت گياهان دارويي سازگار و ارزشمند در راستاي حفظ منابع و تحقيق در زمينه گياهان زينتي، معطر، سمي، صنعتي و فرآورده هاي فرعي جنگل و مرتع

5- بخش تحقيقات بيابان:
تحقيق در زمينه هاي استعداد فرسايش اراضي، منابع آب، منابع اراضي، مديريت بهره برداري از بيابان، استعداد رويشي اراضي، تهيه نقشه هاي بيابان زدايي، شيوه هاي مبارزه با بياباني شدن و تثبيت فيزيكي و بيولوژيكي شنهاي روان

6- بخش تحقيقات علوم چوب و كاغذ:
مطالعه و تحقيق در زمينه فيزيك و آناتومي چوب، مكانيك چوب، چوب خشك كني و حفاظت چوب، امكان سنجي و معرفي منابع سلولزي جايگزين، تحقيقات فرآورده هاي مركب چوبي و تحقيقات مربوط به شيمي چوب، خمير و كاغذ سازي

7- گروه تحقيقات صنوبر و گونه هاي سريع الرشد:
تحقيق پيرامون سازگاري و تعيين ارقام مناسب و صنوبر در دوره هاي بهره برداري كوتاه مدت، زارعت چوب در جهت كاهش فشار بر جنگلهاي طبيعي كشور از طريق ارقام سازگار و توان توليد چوب بالا، معرفي و ترويج ارقام مناسب به بخشهاي خصوصي بويژه صنايع چوبي كشور، امكان كاربرد بيوتكنولوژي در توليد و تكثير ارقام صنوبر و ساير گونه‌هاي سريع الرشد.

8- گروه تحقيقات حمايت و حفاظت :
مطالعه و تحقيق در زمينه عوامل زنده و غير زنده خسارت‌زا به جنگلها و مراتع، حفظ تعادل پايدار و تنوع زيستي در گستره منابع طبيعي ايران ،مطالعات فونستيك، كنترل بيولوژيك و مديريت تلفيقي براي حفاظت و حمايت از اكوسيستمهاي مختلف جنگلي و مرتعي

9- گروه زيست فناوري منابع طبيعي :
تحقيقات در زمينه كاربست علوم نوين گياهي و فناوري زيستي نظير كشت بافت، ريزازدياي، زيست شناسي مولكولي و مهندسي ژنتيك در ارتباط با منابع جنگلي و مرتعي

10 گروه تحقيقات مكانيزاسيون:
تحقيق و مطالعه در زمينه طراحي، ساخت و كاربرد بهينه ماشين آلات جنگلي و مرتعي و توسعه شيوه‌هاي مكانيزه در احياء و اصلاح عرصه‌هاي جنگلي و مرتعي و بهره‌برداري از آن

مؤسسه تحقيقات جنگلها و مراتع كشور در راستاي انجام وظايف خطير خود و با بهره‌گيري از تمامي ظرفيت سازيهاي انجام شده و توانمنديهاي تخصصي، پرسنلي و تجهيزاتي موجود، از بدو تأسيس و شكل‌گيري تاكنون بالغ بر 2800 طرح و پروژه تحقيقاتي در سطوح مختلف ملي و منطقه‌اي تدوين و تصويب و اجرا نموده است. كه از اين شمار تا به امروز (سال 1383) تعداد 1300 فقره باتمام رسيده است.
علاوه بر اين، موضوع بهره‌مندي از توانمنديهاي علمي دانشگاهيان در قالب همكاري مشترك و طرحهاي دانشجويي نيز همواره مورد توجه موسسه بوده است بطوري كه در سالهاي اخير متجاوز از 300 پايان نامه دانشجويي كارشناسي ارشد و دكتراي داخل و خارج كشور بطور مشترك و در قالب زير طرحهاي مربوط به پروژه‌هاي ملي و محوري مؤسسه با مشاركت و همكاري مؤثر استادان و پژوهشگران مؤسسه به اجرا درآمده است.
از حيث بكارگيري انتقال و ترويج يافته‌هاي كاربردي طرحهاي تحقيقاتي مي‌توان گفت كه نتايج مياني و پاياني تمامي طرحهاي اجرا شده به شيوه‌هاي مختلفي در اختيار بخشها و كارشناسان اجرائي آموزش، توليدي، مديريتي و ترويجي مربوط قرار گرفته است.

ارزيابيهاي بعمل نشان مي دهد يافته‌‌هاي علمي مؤسسه در قالب 5 محور راهبردي تاكنون منجر به اثربخشيهاي زيادي در فرآيند توسعه بخش منابع طبيعي كشور شده است. بطوريكه از مجموع نتايج طرحهاي خاتمه يافته حدوداً 40 درصد در زمينه تحليل موقعيت و شناخت منابع، 14 درصد در زمينه مديريت پايدار منابع، 20 درصد در زمينه دسترسي به منابع جديد سلولزي، 19 درصد در ارتباط با حفاظت منابع و 7 درصد در زمينه افزايش بهره‌وري و ارزش افزوده منشأ تأثيرات سازنده و ارزنده‌اي بوده است. تاكنون 65 درصد از طرحهاي مؤسسه كاربردي و 5 درصد ديگر بنيادي از نوع راهبردي بوده است.
توسعه علمي و امر انتقال و ترويج يافته هاي تحقيقاتي حاصله، به شيوه‌هاي مختلفي در موسسه دنبال گرديده كه چاپ و انتشار 420 عنوان كتاب و نشريه تخصصي، انتشار 7 عنوان ژورنال و مجله تخصصي، تدوين و انتشار متجاوز از 900 مقاله علمي (فارسي و لاتين) فقط از سال 79 تا 82، برگزاري 450 سخنراني علمي در قالب 86 گردهمائي علمي از سال 74 تاكنون، برگزاري 8 همايش ملي و منطقه‌اي، برگزاري كارگاههاي مختلف تخصصي آموزشي و مشورتي، اجراي طرحهاي پايلوت و ... بخشي از شيوه‌هاي انتقال ترويج و توسعه توليدات علمي و فكري موسسه به شمار مي‌آيند. امروزه شايد به جرأت بتوان ادعا كرد كه هيچ علاقمندي به منابع طبيعي و محيط زيست كشور وجود ندارد كه با يافته‌هاي علمي، دستاوردهاي پژوهشي و آثار قلمي پژوهشگران مؤسسه آشنا نبوده و يا دست كم نام اين نهاد علمي را بجا نياورده باشد.
مؤسسه تحقيقات جنگلها و مراتع كشور با بيش از 36 سال حيات علمي خود امروزه بعنوان متولي و هدايت كننده پژوهش در بخش منابع طبيعي، زمينه را براي تغيير و اصلاح نگرش دستگاه‌هاي برنامه‌ريز، تصميم‌گيران و سياستگزاران در سطح ملي و منطقه‌اي بصورت فراگير فراهم آورده است. خوشبختانه در طول سالهاي برنامه ريزي كشور، نگاه ها و راهبردهاي پيشنهادي مؤسسه همچون طرح ملي توسعه جنگلهاي كشور، طرح ملي تعادل دام و مرتع، زراعت چوب، راهبردهاي جديد جايگزين منابع سلولزي مورد نياز، واردات چوب و توليد گياهان دارويي بعنوان جايگزين براي ايجاد اشتغال و توسعه منابع اقتصادي روستائيان و .... مورد توجه سياستگزاران و برنامه ريزان ملي قرار گرفته و هم اكنون در قالب برنامه هاي ملي و اقدامات محوري پيگيري مي‌شود.